Na obszarze Gminy można wyróżnić cztery mikroregiony: Dolinę Nysy Łużyckiej, Kotlinę Turoszowską (składająca się z Obniżenia Zatonia, Doliny Miedzianki, Grzbietu Rybarzowickiego, Wysoczyzny Kopacza, obszaru wyrobisk i zwałowisk Kopalni „Turów”), Wyniosłość Działoszyna, Przedgórze Izerskie.
Najwyższe wzniesienie w gminie – Graniczny Wierch – ma 616 m n.p.m. Najniżej natomiast położone są brzegi Nysy Łużyckiej w Krzewinie – 205 m n.p.m. Samo miasto leży na średniej wysokości 260 m n.p.m.
Kotlina Turoszowska
Kotlina Turoszowska to centralna część Gminy. Tutaj około 20 milionów lat temu bujny wilgotny las został zalany a następnie - dzięki subtropikalnemu klimatowi mioceńskiemu – powstał węgiel brunatny.
Pierwotnie kotlina miała charakter płaskiej niecki, jednak wyrobisko kopalni obniżyło jej dno o około 200 m. Obecnie jest to kotlina w kształcie misy o średnicy kilku kilometrów. W południowo – wschodniej części kotliny rozciągają się zabudowania Bogatyni oraz kilka wsi położonych na zachód od niej: Opolna Zdroju, Białopola, Sieniawki i Porajowa (niegdyś znajdowały się tu jeszcze Rybarzowice, Biedrzychowice i Nadrzecze, obecnie wsie te pochłonęła odkrywka KWB „Turów”). Od wschodu odkrywkę otaczają: Turoszów, Zatonie – Kolonia, Trzciniec Dolny – wszystkie w granicach miasta Bogatynia.
Przedgórze Izerskie ma charakter górzysty. Jest to najciekawszy fragment gminy. Rozciąga się od wschodniego załamania granicy z Czechami do wsi Białopole, gdzie przechodzi w Grzbiet Rybarzowicki, opadający następnie ku północy. Najwyższym szczytem Pogórza Izerskiego jest masyw Lyseho Vrchu, liczący 642 m n.p.m. Najwyższy w granicach Polski – wspomniany już – Graniczny Wierch (616 m n.p.m.) zeszpecony został czeskimi wiatrakami. Jego stoki północne opadają do granic Bogatyni do wysokości około 280 m n.p.m. Natomiast stoki zachodnie mające – mające niemal 40 stopni spadku – opadają do doliny Potoku Przepiórka i wznoszą się ponownie aż nad wsią Jasna Góra osiągając 569 m n.p.m. Jest to Guślarz. Góra została tak nazwana, ponieważ jeszcze w średniowieczu miejscowa ludność oddawała się tam pogańskim obrzędom. Najsłabiej wyróżniającym się wzgórzem jest Granicznik wznoszący się 364 m n.p.m. Wysoczyzna Kopacza to lekko pofałdowane wzniesienie o maksymalnej wysokości 294 m n.p.m.. Nazwa wzięła się od wsi Kopaczów położonej wzdłuż granicy polsko – czeskiej, sąsiadującej z czeskim Oldrihovem
Stosunki wodne
Gmina Bogatynia leży w granicach zlewni rzeki Odry i jej dopływu Nysy Łużyckiej. Rzeka Nysa Łużycka wkracza na teren Polski na wysokości 235 m n.p.m. Po przepłynięciu 70 km od źródła leżącego na terenie Czech na wysokości 748 m n.p.m. od wsi Sieniawka rzeka płynie sztucznym wyprostowanym korytem. Gmina leży w całości w górnym biegu Nysy Łużyckiej, który kończy się na 93,7 km rzeki koło wsi Krzewina. Jest to rzeka o wybitnie zmiennych stanach i przepływach. Wysokie wodostany występują wiosną i jesienią. Minimalne stany i przypływy występują w letnie i jesienne susze oraz mroźne okresy zimy.