Na południe od Białopola, u stóp Guślarza wypływa potok Biedrzychówka, prawy dopływ Nysy Łużyckiej. Jego koryto przekładano kilkakrotnie ku południowi w miarę rozszerzania się odkrywki. W latach 1964 – 1967 utworzono zbiornik retencyjny w Zatoniu, przegradzając dolinę rzeki Plebianka. Znajduje się tu obecnie ujęcie wody pitnej dla Bogatyni. W pobliżu Elektrowni znajduje się zbiornik wyrównania dobowego o pojemności 45 tyś. m3. W obszarach źródliskowych, u podnóża hałd, wzdłuż dolinek naturalnych cieków i w starorzeczach Nysy, występują stałe lub okresowe mokradła oraz stawy sztuczne lub naturalne.
W 1972 roku utworzono w Bogatyni zalew wykorzystując naturalne położenie terenu. W Niecce Turoszowskiej występują cztery poziomy wodonośne w trzech formacjach geologicznych. Nieckowatość terenu sprzyja występowaniu wód artezyjskich. W strefie osadów trzeciorzędowych odkryto wody podziemne zawierające Fe SO4. W latach międzywojennych wykorzystywano wody lecznicze z okolic Opolna Zdroju, jednakże działalność górnicza zniszczyła zasoby wód mineralnych. Obecnie silnie uprzemysłowiona gmina nie posiada wystarczających zasobów wody dla zaspokojenia własnych potrzeb, a woda jest tłoczona ze zbiornika Witka w gminie Zgorzelec. Według kronik niemieckich w latach 1592-1916 Bogatynię nawiedzało 37 klęsk powodziowych.